L'évêque en est le président, mais l'autorité appartient aux 8 consuls (4 à l'origine), 4 chevaliers et 4 prud'hommes, élus pour un an. Les consuls sont aidés par des juges et des maîtres de rues. Lors des décisions d'importance, on convoquait le peuple au pied de l'escalier Ste Anne, qui relie le Rhône à Notre-Dame-des-Doms.
Le célèbre Pont d'Avignon, appelé pont Saint Bénézet en l'honneur de son fondateur est construit en 1185. Il contribue encore à augmenter le flux de marchandises passant par la ville. Commerciale et cosmopolite, Avignon est alors une des villes les plus puissantes du Midi. Protégée par sa double enceinte, son pont assure sa renommée et lui assure une source de revenu considérable. Elle est terre d'Empire, le fleuve est la frontière avec le Royaume de France.
Le conflit entre Raymond VI, comte de Toulouse et le roi de France Louis VIII va pourtant bouleverser l'ordre des choses. La commune d'Avignon prend résolument le parti du comte de Toulouse lorsque le concile de Latran (1215) le dépossède de nombreuses terres. Avignon, fidèle à son suzerain, s'attaque à Guillaume II d'Orange, qui voulait s'approprier le Comtat Venaissin. Elle l'élimine et reçoit en remerciement : Caumont, Le Thor, Thouzon, Jonquerette. En remboursement d'un prêt accordé, elle reçoit, en 1226, tout le Comtat Venaissin, les châteaux de Malaucène et de Baucaire. La Commune d'Avignon, à l'apogée de sa puissance, se comporte en véritable puissance régionale et se croit même capable de résister au Roi de France.
Le Roi Louis VIII arrive, il descend la vallée du Rhône avec une armée nombreuse pour une croisade contre les hérétiques albigeois. Après quelques hésitations, les habitants d'Avignon lui fermèrent les portes, lui interdisant ainsi la traversée du Rhône. S'ensuivit un siège de trois mois, terriblement dur et meurtrier. Les avignonnais affamés se rendent quelques jours seulement avant qu'une crue du Rhône n'inonde les positions où se tenaient le roi et son armée.
Le roi réclame des otages et fait payer une forte rançon, il ordonne de raser les enceintes et fait démanteler les quelques 300 maisons-fortes des chevaliers avignonnais par les paysans de la région, heureux de se venger de la tutelle oppressante de la cité. Il fait détruire en plus le pont aux trois quarts. C'en est fini de la puissance de la commune d'Avignon.
En 1229, le Comtat Venaissin est concédé à l'Eglise. Après la mort du comte de Toulouse Raymond VII en 1245, la ville passe sous la double tutelle de Charles Ier d'Anjou, comte de Provence et de Alphonse de Poitiers, comte de Toulouse, tout deux frères du roi Saint Louis. Ils restaurent l'autorité comtale en réduisant définitivement le pouvoir communal en 1251. En 1274, le roi Philippe le Hardi, héritier de son oncle Alphonse de Poitiers, mort sans descendance, fait définitivement don du Comtat Venaissin à l'Eglise. Son successeur Philippe le Bel cède ses parts sur Avignon en 1290 au comte de Provence Charles II d'Anjou qui devient alors le seul maître d'Avignon.