Le Parc National a aménagé trois sentiers thématiques autour de l'île. Le premier d'entre eux, le chemin botanique, permet de découvrir toute la richesse de la végétation port-crosienne. Cette promenade longe la côte et offre de belles vues sur la mer, puis revient vers le village par l'intérieur de l'île.
Le second, le "chemin de l'histoire", monte sur les sommets des collines et mène aux cinq forts de l'île (Forts du Moulin, de l'Estissac, de l'Eminence, de Port Man et de la Vigie). La randonnée dure environ une journée : attention à ne pas rater le dernier bateau du soir !

Le troisième sentier, le plus original, est un sentier d'initiation au milieu marin. Car Port Cros est le premier Parc National marin d'Europe et de Méditerranée : ses fonds marins sont protégés, la faune et la flore sous-marine y sont exceptionnelles. Les plongeurs expérimentés adoreront explorer, par exemple, les alentours du rocher de la Gabinière, tant murènes, mérous et autres barracudas y sont nombreux.

Du mont Vinaigre - 196 mètres, le point culminant de l'île - aux oasis sous-marines tapissées de posidonies, Port Cros est un véritable cadeau offert aux amoureux de la nature…

Mais pour les débutants, le sentier de randonnée sous-marine aménagé entre la plage de la Palud et l'îlot du Rascas donne un excellent aperçu de la beauté des fonds. Muni d'un masque, d'un tuba et d'une paire de palmes, accompagné ou non d'un guide du Parc, il suffit de suivre les dix bornes d'observation numérotées et facilement repérables depuis la surface. Une plaquette plastifiée éditée par le Parc permet de lire, tout en nageant, les commentaires sur la faune et la flore observées.