Créé au 16ème siècle par la cour d’Autriche, le Lipizzan vit le jour à Lipizza ou Lipica (autrefois territoire de l’empire austro-hongrois et aujourd’hui en Slovénie), petit village aménagé en haras impérial dont le but était de fournir à la prestigieuse Ecole Espagnole de Vienne les plus beaux chevaux qu’on puisse imaginer. L’Archiduc Charles II, grand amateur d’équidés, décida d’importer d'Andalousie, en raison de leur aptitude particulière au travail de manège, neuf étalons et vingt-quatre juments. Ces chevaux furent ensuite croisés avec les descendants de l'antique race indigène. Puis la cour de Vienne soucieuse d'améliorer cette nouvelle race, continua d'acheter d'autres chevaux espagnols.
Bien que trois des étalons pères de lignées soient blancs, c'est grâce aux infusions de sang arabe que fut génétiquement favorisée la robe blanche, considérée comme celle des "chevaux impériaux". Cette robe devint prédominante au début du 19ème  siècle et constitua dès lors une des caractéristiques de cette race. Il existe cependant aujourd'hui en Hongrie, des chevaux noirs et bruns, mais ces derniers ont une souche génétiquement différente.
 
 
La fixation du type dans ses caractéristiques essentielles et son usage de cheval de parade et de combat sont déjà en partie obtenus en 1735 au moment de l'inauguration du manège impérial. Le Lipizzan va remplacer les andalous pour demeurer jusqu'à nos jours l'acteur principal des grands carrousels et des fêtes somptueuses.
Six lignées d’étalons et 18 familles de juments, sélectionnées au 18ème  siècle sous le règne de l’impératrice Marie-Thérese, constituent la base de l’élevage.